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数学科学学院暨应用数学中心学术报告

发布时间:2022-05-27浏览次数:10

报告题目:Inference of disease-associated microbial biomarkers based on metagenomic and meta-transcriptomic data 

  人:刘丙强(山东大学数学学院)

报告时间:2022年5月31日下午3:00-4:00

报告形式:腾讯会议ID:831-2842-9068

内容简介: Unveiling disease-associated microbial biomarkers is rucial for disease diagnosis and therapy. However, the heterogeneity, high dimensionality, and large amounts of microbial data bring tremendous challenges for fundamental characteristics discovery. We present IDAM, a novel method for disease-associated biomarker inference from metagenomic and meta-transcriptomic data, without requiring prior metadata. It integrates gene context conservation (uber-operon) and regulatory mechanism (gene co-expression patterns) through a mathematical graph model. We applied IDAM to inflammatory bowel disease, melanoma, Type 1 diabetes mellitus, and irritable bowel syndrome associated datasets, and demonstrated its superior performance in biomarker inference. IDAM is freely available at https://github.com/OSU-BMBL/IDAM.

报告人简介:刘丙强,山东大学数学学院教授、博士生导师,副院长。2003年毕业于山东大学数学学院基础数学专业,获学士学位。2010年毕业于山东大学数学学院运筹学与控制论专业,获博士学位,导师为李国君教授。其间于2007年1月至2010年1月赴美国乔治亚大学联合培养,合作导师为徐鹰教授。毕业后留山东大学数学学院从事教学科研工作。主要研究方向为利用图与组合优化的模型与理论针对基因表达调控中的系列计算问题进行算法设计与数据分析,包括转录调控相关元件的计算预测、调控网络构建与分析等,近年来更多关注单细胞多组学数据和微生物组学数据方面的分析方法。承担国家重点研发计划、国家基金委面上项目、青年基金等科研项目。

(撰稿人:雷锦志;审稿人:郭永峰)

 

数学科学学院

2022年527日


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